القصة تدور حول المتحري طالب الثانوية سينشي كودو، بينما كان مع صديقة طفولته ران موري في مدينة الملاهي لمح رجلًا يرتدي ملابس سوداء يقوم بأعمال مريبة فشكك فيه فتبعه، وبينما كان منشغلًا في مراقبة الصفقة السرية التي كان يجريها هاجمه شريكه من الخلف ولم ينتبه له. أجبروه على تناول عقار سام ثم هربوا. وعندما استيقظ كان جسده قد تقلص، إن علمت المنظمة أنه ما زال حيًّا فكل الذين من حوله سيكونون في خطر، ساعده الدكتور أغاسا في إخفاء شخصيته، وعندما سألته ران عن اسمه أجابها كونان إيدوجاوا، ولكي يبحث عن رجال المنظمة السوداء قرر الذهاب للعيش عند والد ران لأنه يملك وكالة للتحريات.